Zapotitlán es conocido por su rica biodiversidad, con especies como el ahuehuete, el oyamel y el pino. También se encuentran especies de plantas medicinales como la hierba de San Juan y la manzanilla.
La fauna de Zapotitlán es igualmente diversa, con especies como el águila real, el gavilán y el zopilote. También se encuentran mamíferos como el venado cola blanca y el tejón.
Desafortunadamente, algunas especies de flora y fauna de Zapotitlán se encuentran en peligro debido a la deforestación y la caza furtiva. Es importante tomar medidas para proteger y conservar la biodiversidad de esta región.